南洋理工大学拥有12个科系，它们附属于4个学院：
– 工学院 (College of Engineering)
– 人文学院 (College of Humanities, Arts, & Social Sciences)
– 科学/理学院 (College of Science)
– 南洋商学院 (Nanyang Business School)
其中工，文，理三学院分管如下科系:
工学院 (College of Engineering)
– 化学与生物医学工程系 School of Chemical and Biomedical Engineering
– 土木与环境工程系 School of Civil and Environmental Engineering
– 计算机工程系 School of Computer Engineering
– 电机与电子工程系 School of Electrical and Electronic Engineering
– 材料科学与工程系 School of Materials Science and Engineering
– 机械与宇航工程系 School of Mechanical and Aerospace Engineering
文学院 (College of Humanities, Arts, & Social Sciences)
– 艺术、设计与媒体系 School of Art, Design and Media
– 人文与社会科学系 School of Humanities and Social Sciences
– 黄金辉传播与信息系 Wee Kim Wee School of Communication and Information
理学院 (College of Science)
– 生物科学系 School of Biological Sciences
– 数理科学系 School of Physical and Mathematical Sciences
南洋理工大学还同时拥有下列学院和机构：
– 国立教育学院
– 拉惹勒南国际研究院
– 南洋理工大学孔子学院
– 康奈尔-南洋款待管理学院
– 高等研究所
– 连氏中国企业研究中心
– 南洋科技创业中心
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